SMK Sunan Kalijogo merupakan sekolah yang berada di naungan Pondok Pesantren, dan kami menerapkan pembiasaan siswa di sekolah kami untuk selalu melakukan Sholat Dhuha seetiap pagi jam 6.45 wib, pembiasaan ini merupakan hal yang wajib di ikuti oleh para siswa, bukan hanya siswa yang dari pondok saja tapi juga siswa yang dari luar pondok (umum).
Setelah kegiatan Sholat dhuha di lanjutkan kegiatan pembacaan Asma’ul Husna dan pembacaan Rotibul Haddad, siswa juga di bekali buku saku yang sudah dilengkapi bacaan Jus Amma, Surat Yasin, Istighosah dan Rotibul Haddad. buku saku ini juga wajib di bawa dan di baca saat kegiatan berlangsung.
Sekolah juga menerapkan kebiasaan siswa yang kami sebut dengan Matrikulasi siswa yang meliputi, kebiasaan mengucap salam, senyum, sopan dan santun, dan kami juga menanamkan karakter kepada siswa dalam hal kerapian, kebersihan dan kebiasaan bersosial.
